Allora, ho questo dataset fatto così
- ogni riga un sito di osservazione
- Ogni colonna una presenza-assenza di una OTU
- Le ultime 6 colonne variabili ambientali (N,P,K,pH ecc)
Mo, tutto apposto. La cosa è che dovrei farci un NMDS, ma come posso farla senza avere una colonna per raggruppare le osservazioni? Senza non saprei proprio come fare i grafici, tutti usano una variabile per discriminare. Vorrei capire se sono io che sono scemo e non ho capito qualcosa o se il prof pretende cose infattibili, mi farebbe risparmiare tempo
Il resto del post è giusto per farmi capire, ma non è importante per darmi una risposta
Questo è un esempio di dataset
Il codice di esempio è questo
library(vegan)
library(tidyverse)
library(ggplot2)
dataPath <- "rus.csv"
# Set the stage up
data <- read.csv("https://raw.githubusercontent.com/arteteco/FunModels/main/data/matrix/split/rus.csv")
# Read in species matrix AND grouping variables
data <- select(data, -c("lat","lon","Orc_species", "population"))
# Distance Matrix
dataDist <-
vegdist(data, method = "euclidean", na.rm=T)
dataDist <-
as.matrix(dataDist, labels = T, na.rm=T)
# NMDS
dataMDS <-
metaMDS(dataDist,
distance = "euclidean",
k = 3,
maxit = 999,
trymax = 500,
wascores = TRUE)
stressplot(dataMDS)
